在这部特混舰队在行动片中,某舰队两栖侦察兵正在训练场上练习格斗，雪亮的匕首和阵阵杀声吸引了舰队子弟学校的三个男孩。为首的董海星翻墙而过，企图窃取匕首，结果被一个海军军官“俘获”。次日，白鸥老师向五年级二班的同学介绍新来的辅导员梁驰涛，董海星认出他原来就是那个“仇敌”。一天晚上，熄灯号吹过之后，五(2)班的男生宿舍里依旧灯火通明，一场“海战”正在激烈地进行。辅导员梁驰涛来到了“战场”，严厉地批评了这些违纪的“水兵”，受到处罚的董海星对梁驰涛更加不满了。董海星、谢潜和金宝贝是“特混舰队”的领袖，并自封为“将军”。一天，他们在鲨鱼礁附近无意听到一种奇特的声音，“小将军”们决定要查它个水落石出，并称此为“鲨鱼行动”。他们用小录音机录下了海底怪声，分析后认为是沉船发出的。上旗语课时，白老师将董海星的录音机没收了。梁驰涛仔细了解情况后把录音机还给了董海星，为此，三个“小将军”认为辅导员够意思，“仇恨”开始减退。一天，“小将军”们又一次来到鲨鱼礁，金宝贝自告奋勇潜入水中寻找沉船，却半天不见上来，董海星和谢潜急呼救命，梁驰涛闻讯赶来跳入海中，救出了金宝贝。一股敬仰之情在“小将军”的心里油然而生，梁驰涛也深深地爱上了这几个小捣蛋。由于把精力都花在了“鲨鱼行动”上，董海星在期中考试时“触礁”了，考场上他用旗语向金宝贝求救，被宁娜告发。董海星气坏了，三个“小将军”一起用一盆洗衣粉水“惩罚”了这个“女问谍”。在老师和辅导员的帮助下，“将军”们懂得了，一个真正的男子汉必须珍惜友情，有大海一样的胸怀。梁驰涛就要离开五(2)班去执行新的任务了，孩子们难过极了，他们费尽心思想要留住辅导员，但却无济于事。孩子们深情地唱着《水兵之歌》，送走了他们的舰长。授旗仪式开始了，五(2)班被授为“特混舰队”班，全班同学身穿水兵服威武地站在导弹驱逐舰上，“特混舰队”的蓝旗在桅杆上高高飘扬。
